Andes
 Los bosques nublados andinos, son la prioridad más alta para la conservación de la biodiversidad a nivel mundial, ya que contienen el mayor número de especies endémicas y están muy amenazados por las actividades humanas. Debido a su geografía, ubicación y clima, el sur del Ecuador y norte de Perú, están entre las áreas más diversas de este ecosistema prioritario.
En este ecosistema y desde 1997 NCI y la Fundación Alemana para la Investigación ejecutan el programa científico más importante del gobierno alemán fuera de su territorio. La Estación Científica San Francisco fue creada con esta finalidad, albergando un sinnúmero de investigadores que han producido valiosa información para el manejo de este ecosistema, y a la vez han formado gran cantidad de científicos nacionales y extranjeros.
Una iniciativa importante de NCI ha sido el impulsar la declaración de la Reserva de la Biosfera Podocarpus – El Cóndor por parte de la UNESCO, la que con una extensión de un millón de hectáreas, protegerá una gran superficie de bosque nublado andino y otros ecosistemas importantes.
Dentro de esta potencial Reserva de Biosfera, NCI ha influido en la conservación del Bosque Protector Colambo – Yacuri (73,000 ha), mediante su declaratoria y el trabajo continuo con las comunidades y gobiernos locales. De esta manera se logró establecer la Reserva Comunal Bosque de Angashcola que protege 1.200 ha de bosque nublado y se impulsa la descentralización de las competencias ambientales y manejo de recursos a las Juntas Parroquiales y comunidades. Dotar a estas comunidades de alternativas económicas es un elemento fundamental para garantizar la conservación de este ecosistema. En este sentido NCI ha emprendido en la investigación y desarrollo agrotécnico de frutos nativos como el toronche, la achira y la chirimoya, mejorando las condiciones de producción tradicional.
Finalmente, es importante proteger los servicios ambientales que este ecosistema genera, como la dotación de agua potable para las principales ciudades o la hidroelectricidad. Para esto hemos iniciado investigaciones y gestión política para valorar y conservar las cuencas hidrográficas abastecedoras de las ciudades de Loja y Celica.
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